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あれから3年。かつて“深海の悪霊”デイヴィ・ジョーンズと交わした“血の契約”により、魂を売って自由とブラックパール号を手に入れたジャックに、代価を支払う時が来た。代価はジョーンズの幽霊船フライング・ダッチマン号での100年の奉仕。拒むならジョーンズの僕（しもべ）クラーケンが牙をむく。ターミネーター（The Terminator）1:1 T-700　頭蓋骨　レプリカ
一方、ジャックを逃した罪に問われ、結婚式を台無しにされたエリザベスとウィル。だが、東インド貿易会社のベケット卿は自らの秘めた野望のために、ふたりにジャック所有のコンパスを奪ってくることで無罪放免とする取り引きを持ちかける。だが今度はジャックからコンパスを渡す交換条件として、デイヴィ・ジョーンズの心臓を納めてある支社の宝箱（デッドマンズ・チェスト）の鍵を要求されたウィルは、果敢にも幽霊船へと乗り込んだ。そして、幽霊船に囚われの身となっていた父親“靴ひものビル”と再会。父に助けられて鍵を盗むことに成功するが…その間、行動を共にしていたジャックとエリザベスのふたりは、お互いに同じ自由な魂を持つ相手に惹かれつつあった。死者の宝箱（デッドマンズ・チェスト）の争奪戦の末に心臓を手に入れたジャックだったが、最後に何者かに奪われてしまう。そして、怒り狂ったデイヴィ・ジョーンズはついにクラーケンを放つ。ジャックさえ犠牲になれば、ほかの者たちは助かることを悟ったエリザベスは、ジャックにキスをして罠にかけ、ジャックはクラーケンに飲み込まれるのだった。 頭蓋骨
ジャックから心臓を奪ったのはノリントンだった。彼はベケット卿にそれを差し出し、再び提督の地位に返り咲く。そして、暗黒の力を手に入れたベケット卿の野望がついに現実のものとなる時が訪れた。
１７世紀、海賊たちが大海原を荒らしまわっていた遥かなる時代。カリブ海の港町ポートロイヤル。美しい総督の娘エリザベスはかつて海上で助けた少年ウィルが身につけていた黄金のメダルを手に入れ、今も密かに保管していた。そんなある日、突然ブラックパール号に乗ったキャプテン・バルボッサ率いる冷酷な海賊たちが町に現われ、エリザベスがさらわれてしまう。海賊の目的は、彼女がその時身につけていた例のメダルだった。一方、鍛冶屋で働く逞しい若者へと成長したウィルは、幽閉されていた元ブラックパール号船長で一匹狼の海賊ジャック・スパロウと手を組み、エリザベスの救出に向かうのだが…。